日本国土交通省确认，羽田机场事故发生前，机场管制许可日航客机进入跑道，并指示海保厅机在跑道外等待。
日航方面亦在听取了机组成员的说法后表示，“机组成员在确认了管制的着陆许可后进行了复述，随后进入跑道，实施着陆操作”“（机长）无法确认海保厅机的存在”。而海保厅关系人士则表示，海保厅机机长称其已取得管制的起飞许可。
日本运输安全委员会3日就此事展开调查，警视厅亦设置了搜查本部以“业务过失致死”嫌疑展开调查。
受事故影响，羽田机场3日取消了超过一百架次的航班。
（NHK 1，2，每日新闻，视频：朝日电视台）